免疫共沉淀(CHIRP)實驗
RNA綁定的DNA和蛋白相互作用: CHIRP
免疫共沉淀實驗(Chromatin Isolation by RNA Purification, CHIRP)是-種檢測體內與RNA綁定的DNA和蛋白相互作用的方法,可同時分析IncRNAcircRNA、蛋白及DNA三者互作關系。
CHIRP實驗意義
IncRNA可與蛋白質、DNA和RNA相互作用,實現多樣化功能,CHIRP可以探討IncRNA與其互作的DNA.蛋白質的功能與作用機制,是相關科學研究工作的有力工具。IncRNA的研究在表觀遺傳調控等生命活動中發揮重要作用,CHIRP是研究
IncRNA的重要技術手段,可在全基因組范圍內鑒定RNA與染色質的互作,并對其進行定性、定量及定位的分析。
CHIRP實驗原理
CHIRP (Chromatin Isolation by RNA )是通過結合生物素的核酸探針,將目標RNA拉下來,與之共同作用的DNA染色體片段(DNA與蛋白質復合體)就會被吸附下來,后可以通過qRT-PCR. WB.測序分析和質譜分析等檢測RNA. DNA和蛋白質。
CHIRP的實驗流程
①探針設計:設計反義穿核苷酸探針:
②細胞培養
③破碎細胞
④生物素標記的DNA探針與RNA雜交
⑤CHIRP
⑥RNA、DNA及核酸結合蛋白提取;
⑦分析檢測。
結果展示
實驗完成周期及交付標準
1.實驗周期: 1-3個月
2.交付標準: CHIRP鑒定結果報告、分析報告、實驗報告(試劑、 耗材、實驗步驟)、原始數據等
實驗需與客戶確認的信息
1.目的基因與蛋白信息。
2.樣本類型與種屬
3.是否需要生信分析
參考文獻
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China Life Sciences, 2013, 56(10):876-885.
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